Научно-исследовательский институт экологии и водных проблем – структурное подразделение Кызылординского государственного университета им. Корыт Ата, организован в соответствии с Уставом университета 29 августа 2003 года.

Директор института – д.т.н., профессор Серикбай Иманбаевич Кошкаров.
        Экологические проблемы Кызылординский области в основном связаны с нерациональными использованием водных ресурсов. Имеют место значительные потери оросительной воды. Проблемной является низкое качество поливной воды. Крупные орошаемые массивы области характеризуются различными почвенно-мелиоративными, геологическими и гидрогеологическими условиями. Все это объясняет важность исследования экологических проблем, связанных с воздействием на них водохозяйственных и мелиоративных факторов.
        Задачами института являются: координация научных исследований по водным проблемам и экологии; проведение исследований, обеспечивающих оптимальные решение проблем экологии и водного хозяйства региона; внедрение результатов исследований и разработок в производство и учебный процесс.
        Институт координирует научно-исследовательскую работу преподавателей кафедр водного хозяйства, землеустройства, экологии и рационального использования природных ресурсов, биологии, географии и экологии.

Институтом выполнены научно-исследовательские работы:
        «Исследование коллекторно-дренажных и сточных вод в низовьях реки Сырдарьи в целях безопасного их использования для орошения сельскохозяйственных культур и древесных насаждений» (2003-2004 гг.). Научный руководитель - профессор А.А.Шомантаев.
        «Влияние загрязненной воды реки Сырдарьи на эколого-мелиоративные условия Кызылординской области» (2004-2006 гг.). Научный руководитель - профессор С.И.Кошкаров.
«Разработка водосберегающей технологии орошения диверсификационных культур в низовьях реки Сырдарьи (соя, люцерна)» (2006-2007гг.). Научный руководитель - профессор С.И. Кошкаров.
«Разработка методов понижения уровня грунтовых вод на территории стадиона в пос. Жанакорган» (2005г.). Научный руководитель – профессор С.И. Кошкаров.
        «Исследование почвенно-мелиоративных, гидрогеологических и экологических условий на Казалинском массиве орошения и разработка на этой основе мероприятий по улучшению эколого-мелиоративного состояния орошаемых земель» (2004-2005гг.). Научный руководитель – профессор С.И. Кошкаров.
        «Антропогенное формирование плодородия и экологизации культурно-орошаемых почв в низовьях Сырдарьи» (2004-2007гг.). Научный руководитель – профессор Нургизаринов А.М.
        Основные научные направления института: «Исследование работы элементов оросительных систем, использования водных ресурсов, режимов орошения сельскохозяйственных культур, разработка на этой основе мероприятий по улучшению эколого-мелиоративного состояния орошаемых земель в низовьях Сырдарьи».